5月9日,應我??萍继帯⑶把卦杭盎瘜W與化工學院邀請,中國科學院深圳理工大學張增輝教授、中南大學曹東升教授和上海交通大學陳海峰教授做客我?!扒把乜茖W報告”,作了題為“蛋白質(zhì)相互作用的理論計算方法與應用”“人工智能藥物設計方法與應用研究”和“無規(guī)蛋白環(huán)境特異的精準分子力場研究及應用”的報告。報告會由化學與化工學院副院長仝建波主持,學院相關(guān)專業(yè)教師、研究生聆聽了此次報告會。

張增輝教授介紹了課題組在計算預測蛋白—配體和蛋白—蛋白相互作用的結(jié)合自由能及其蛋白變異對結(jié)合自由能的定量影響的計算方法的研究。這些方法的應用為認識和設計蛋白—配體及蛋白—蛋白相互作用提供了重要和精確定量的原子層面的信息,其理論計算和預測的精度在不斷趨近于實驗誤差范圍,這些自由能理論計算方法的不斷發(fā)展和應用將對藥物設計,抗體設計和蛋白設計提供具有實際意義的理論計算指導。

曹東升教授從創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)亟待變革性新模式的背景出發(fā),介紹了課題組運用各種人工智能技術(shù)、機器學習方法、分子模擬、計算化學、化學信息學以及生物信息學技術(shù)來實現(xiàn)自動的問題假設生成,活性預測和實驗驗證研究。重點介紹了基于結(jié)構(gòu)/配體的虛擬篩選方法、成藥性理論預測和分子靶標識別展開了系統(tǒng)和深入的方法學研究,并把發(fā)展的方法與實驗平臺無縫銜接用于多個重要靶點的藥物分子設計和生物活性分子的作用靶標識別。

陳海峰教授報告了課題組通過矯正八個無規(guī)傾向性的氨基酸、二十種氨基酸、八十種氨基酸環(huán)境的CMAP參數(shù),發(fā)展了ff99IDPs,ff14IDPs,ff14IDPSFF, ff03CMAP, ESFF1等系列精準的無規(guī)蛋白分子力場,新力場能重現(xiàn)天然無規(guī)蛋白的構(gòu)象特征,并準確預測天然無規(guī)蛋白的化學位移、J-Coupling、NOE等參數(shù)。與現(xiàn)有分子力場相比,精準力場對天然無規(guī)蛋白的模擬更加精確而且更加高效。
報告最后,三位教授就師生們的相關(guān)問題進行了細致解答,使得師生們對報告內(nèi)容有了更深入的理解。本次學術(shù)報告開闊了化工學院在化學信息學和生物信息學方面的科學視野,促進了師生在相關(guān)領(lǐng)域的學術(shù)交流。
新聞小貼士:
張增輝,華東師范大學教授,上海紐約大學計算化學聯(lián)合研究中心主任, 深圳理工大學合成學院講席教授。在國際核心學術(shù)刊物上發(fā)表論文400余篇,論文引用13,000余次,H-index指數(shù)60 (web of science),目前擔任Phys. Chem. Chem. Phys. 的副編輯。
曹東升,中南大學湘雅藥學院教授。發(fā)表SCI論文100余篇,開發(fā)軟件平臺35套,獲軟件著作權(quán)22項, 累計訪問540萬余次;申請中國專利13項,參編英文專著一部。獲得國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金面上項目、湖南省重點研發(fā)計劃、湖南省杰出青年基金等國家、省部級和橫向科研項目20余項,累計經(jīng)費1500余萬?,F(xiàn)任湖南省生物醫(yī)學信息委員會副主任委員,中國計算機化學專業(yè)委員會委員,中國計算毒理學專業(yè)委員會委員。受邀擔任SCI期刊CMES-Comp. Model. Eng.副主編和Chemometr. Intell. Lab.編委。
陳海峰,上海交通大學生命科學技術(shù)學院微生物代謝國家重點實驗室教授,博士生導師,生物信息學與生物統(tǒng)計學系副系主任。Chemical Biology &Drug Design雜志副主編。上海市浦江人才。主要從事天然無規(guī)蛋白的精準分子力場、計算合成生物學以及計算機輔助創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)等研究。迄今為止已在JACS, PNAS, NAR,Bioinformatics,JCTC等國際著名學術(shù)期刊發(fā)表了130多篇SCI論文。文章引用超過2500次。H因子為28。獲上海市科技進步一等獎。主持五項國家自然科學基金面上項目, 參與三項國家重點研發(fā)計劃子課題。
(核稿:仝建波 編輯:郭姍姍)